Sehr wichtig ist für Einnahmen-Ausgaben-Rechner im Jahr 2006 noch, dass es zu einer Änderung bei der Vortragsfähigkeit von Verlusten gekommen ist. Bisher waren nur Anlaufverluste (aus den ersten 3 Jahren der Tätigkeit) vortragsfähig, dann allerdings zeitlich unbegrenzt. Ein Verlust im Jahr 4 oder danach war – soweit dieser nicht im selben Jahr mit anderen Einkünften ausgeglichen werden konnte – verloren. Die ab 1.1.2007 geltende neue Rechtslage sieht vor, dass Einnahmen-Ausgaben-Rechner künftig jeweils die Verluste der letzten drei Kalenderjahre als Verlustabzug geltend machen können. Im Prinzip ist diese Neuerung begrüßenswert, da natürlich auch Einnahmen-Ausgaben-Rechner  zwischendurch schlechte Jahre haben können und diese Verluste nun nicht mehr unter den Tisch fallen. Da es jedoch keine Übergangsregelung für die bisher ohne zeitliche Begrenzung vortrags­fähigen Anlaufverluste gibt, gehen Verlustvorträge aus Anlaufverlusten der Kalenderjahre bis 2003 verloren, wenn sie nicht noch 2006 genutzt werden. Betroffene mit älteren Anlaufverlusten sollten daher heuer noch unbedingt danach trachten, einen entsprechend hohen Gewinn zu erzielen.